Vergi Usul Kanununa göre E-Arşiv Faturaların muhafaza ve ibraz işlemleri mükelleflerin sorumluluğundadır.
E-Arşiv Faturaların çıktı alınıp saklanması, dijital ortamda saklanması gerekmekte olup, herhangi bir vergi incelemesinde E-Arşiv Faturaların dijital ortamda yer alan kayıtları talep edilebileceğinden özellikle dijital ortamda arşivlenmesi gerekiyor. Ayrıca GİB Portal üzerinden düzenlenen E-Arşiv Faturalar belli süre geçtikten sonra (Örneğin 6 ay sonra) ilgili faturalara ulaşılamamakta, GİB Portal sisteminin arşiv sistemi şu anda kurulmamış olup, arşivleme işlemi bulunmamaktadır.